Hizo sus primeros estudios en la Universidad de Valladolid. Cuando tenía veinte años fue nombrado capitán de infantería, embarcado en la armada con la que tomó parte en el socorro de Gibraltar y en 1672 en la toma de los fuertes de Alhucemas y en el combate que sostuvo contra la escuadra francesa, frente al cabo Rosocolmo, para evitar entrasen socorros en Mesina. En 1675 fue nombrado capitán de Caballos Corazas, embarcando con dicho empleo en la armada del príncipe de Montesarcho, que operó ante las costas de Sicilia, sufriendo violento temporal durante el cual se distinguió Fernández de Navarrete. En el combate sostenido contra los franceses en el golfo de Catania, nuevamente se portó con brillantez, mandando la artillería del alcázar del buque en que iba. En las operaciones de Cataluña sirvió en aquel ejército como maestre de campo, pasando con dicho cargo a las de África, siendo allí gobernador de Alarache. Durante el sitio de Orán por los argelinos en 1688, participó como voluntario en la defensa del castillo de Rosalcázar, el más batido por los enemigos, volviendo después, en su verdadero empleo, a combatir en las más arriesgadas acciones. En 1692 sus servicios, especialmente los desempeñados en la mar, le hicieron ser nombrado almirante general honorario del mar Océano y poco después gobernador interino de la armada naval de Flandes, mientras estuviese ésta por las costas de España. En 1699 mandó una escuadra que fue a América y en septiembre de dicho año fue designado gobernador de mar y tierra de las fuerzas destinadas a expulsar del Darién a los escoceses que allí se habían establecido. Antes de que llegase la expedición ya los había arrojado Juan Pimienta. Continuó sus servicios Navarrete como almirante general de la armada; su carácter puntilloso y genio duro le proporcionaron serios disgustos. No pudo nunca adaptarse al nuevo modo de ser de la armada y a la intrusión en ella de los franceses. Para obligarle a entrar por ello, se negaron los sueldos a todo su departamento y también la licencia pedida para restablecer su maltratada salud. Al fin pudo conseguirla. En 1707 fue nombrado gobernador de las armas de Guipúzcoa.
FUENTE: Enciclopedia General del Mar. Garriga. Por el contralmirante don Carlos Martínez-Valverde y Martínez